恕我直言，这个公司不是你的深耕良地。

从帖中所说来看，你的职位是技术职位，M的职位是管理职位。聘任时分工就很清楚，项目开始时，从各组调人，项目结束后，人员返回，运行交付各组。

从你的角度看问题：在做项目的过程中，付出了很多，所以项目完成后希望接着做运行。技术上，谁做的事，谁最明白，运行让谁负责也最顺利。如果不想向M汇报，则需要建立一个新组。但公司似乎无意接受你的建议。

从M的角度出发：A项目在你加入公司前就是他管，现在项目完成了，运行自然由他，或他指定的人来管。

从公司（老板） 的角度出发：M的理由，实际上是公司的理由。没有资源，或者不愿，将A和B分开。也许公司在招聘时的准备就是在A项目结束后解聘做项目的人。所以招聘职位是技术职位，不是管理职位。至于聘请咨询公司解决问题，是公司保护自己的措施之一，不是真心解决问题的方法。

如果计划在公司待下去，需要做好向M汇报的准备，这是帖中提到的组织结构所致。也是老板的计划。但这么做，你是否可以接受，高高兴兴地做下去？

如果不能真心接受现实，那就要及时止损。你已经在这个公司做了两年，坚持做下去，改变不了现状，只是多做几年而已。