恽仁祥在回忆录中称,1968年1月,国防科委系统“学习毛主席著作积极分子代表大会”(以下简称“学代会”)召开,代表资格的核心内容是“拥护以聂副主席为核心的国防科委党委常委的正确领导。”当时国防科委机关至少60%以上人员反对这条标准,“炮轰聂荣臻”、“打倒王秉璋,解放七机部” 的大标语在国防科委机关随处可见。当时原第七机械工业部(七机部)部长王秉璋是聂荣臻的得力助手。问题反映到中共中央和毛泽东、林彪处,中央开会时要求周恩来帮国防科委、国防工办解决该问题。1968年4月20日,周恩来代表中共中央到国防科委机关处理“学代会”问题,发表了4·20讲话,在讲话中透露,1968年3月底杨、余、傅事件发生后,聂荣臻给毛泽东、林彪写了一封信,也抄给周恩来,毛泽东加了批语;1968年4月16日,聂荣臻又写了一份检讨书交给周恩来。周恩来讲话后不久,李敏和国防科委八局部分人员贴出“炮轰聂荣臻”的大字报,随后成立“卫东革命造反派”群众组织,获周恩来支持,毛泽东也说:“炮轰是客气的。”由此国防科委机关文革史上才首次出现部分造反派“炮轰聂荣臻”。以后又传达了毛泽东对“聂核心”的批评:“核心是在斗争中自然形成的,不是自封的。”国防科委系统由此开始批判聂荣臻的“多中心,即无中心论”。1969年1月,中央为解决国防科委的问题而举办中央国防科研系统学习班(称“中央学习班”),中央将上述聂荣臻的检讨书发给中央学习班每人一份,掀起了批“聂氏山头”的高潮。聂荣臻在此背景下退出一线,由其手下王秉璋任国防科委第一副主任并主持国防科委工作,并调梁军任国防科委参谋长;但同时也撤销了中央派驻国防科委的工宣队,国防科委仍回到聂荣臻的控制下。王秉璋上台后,在聂荣臻支持下,举办了国防尖端科技展览会,并大抓“国防口五·一六”。其中,国防尖端科技展览会展出了最新国防科研成果及绝密文件资料,1970年7月23日,国防科委组织上万人夹道欢迎林彪等人参观展览会。1971年9月13日九一三事件中,林彪手下的周宇驰、于新野、李伟信乘坐直升机外逃被迫降,在直升机上查出林彪从该展览会获得的大批绝密文件和资料。1969年9月,聂荣臻奉林副主席指示第一号令,以战备疏散的名义将国防科委机关迁离北京,1970年初开始,在国防科研系统大抓“反林副统帅、反林副统帅最亲密的战友聂副主席的‘国防口五·一六’”,重点在国防科委机关,以曾参加中央学习班“炮轰聂荣臻”的人员如李敏等人为清查重点[4]。
1971年九一三事件后,周恩来代表中共中央亲自处理国防科委的问题,查出聂荣臻要抓的“国防口五·一六”黑名单,名单中包括李敏及和她共同署名贴出“炮轰聂荣臻”大字报的国防科委八局其他人员,认定“国防口五·一六”是聂荣臻制造的假案,决定对此案彻底平反。同时,周恩来代表中央宣布对王秉璋、梁军隔离审查,此后又将罗舜初、刘华清、蔡顺礼三位支持聂荣臻的国防科委党委常委调出国防科委;中央对国防科委“掺沙子”,任命陶鲁笳为国防科委主任兼党委书记,陈彬、李光军、马捷、钱学森、朱光亚为副主任兼国防科委党委常委委员,此前被聂荣臻排挤走的朱卿云调回国防科委仍任政治部主任兼常委委员。中央明确告诫聂荣臻不得插手国防科委事务[4]。