清光绪年间，庐阳人禾长青到青州府担任知府。禾长青是少年神童，一路考取秀才、举人、贡士、进士，被皇命选入翰林院编修。三十岁出头就放了青州知府，禾长青可谓是青年英才，国之良臣。
一天上午，一个衣衫褴褛的乞丐来到知府大堂，禀告说城郊发生了一桩离奇命案。禾长青闻言，立刻带着三班衙役赶往现场。按照《大清律例·刑律》的规定，若有命案发生，主事官员不去现场勘验的，要承担四十大板的责罚。
在青州城外的一片坟地里，早已经围满了一群看热闹的人。禾长青走上前一看，发现现场并无尸体，只有一个被挖开的大坟坑。坟坑之中有一具棺椁，棺内有一具枯骨，枯骨歪在一边，两只枯手紧紧地抠住棺沿。禾长青见了枯骨的姿势，一眼就看出此人当时被放入棺中并未死亡，他坐在棺材中双手死死地抠着棺材缝，他至死都没有成功打开棺材盖子，最后被活活闷死在棺材之中。
禾长青让仵作检验尸体，仵作将尸体从棺材中小心取出，把枯骨放在一条白布之上。仵作放下一块骷髅头后，发现双手变成了黄颜色。仵作心中惊讶不已，再拿起白布擦拭骷髅头，发现白布染上了厚厚一层黄颜色。仵作又取来其他部位的骨头擦拭，结果发现也是一样的情况。禾长青见骷髅变色，心中惊讶不已。
此时人群中走出一个白面书生，此人自称林秀山，命案是他让乞丐去报的。林秀山对禾知府拱手作揖，随后说出了当时报案的情由：林秀山说，他连续科考三年均未上榜，心中甚是难过，于是便相信命理星宿，跑去找算命先生算卦。算命先生说他父亲的坟地有问题，让他回家把父亲的骸骨重新找个地方安葬。
林秀山对算命先生的话深信不疑，他回家与义父商量迁坟事宜，谁知义父却坚决反对。林秀山的父母早年亡故，他自幼被林启昌收养。林启昌对林秀山一直严厉管教，稍有不听话就棍棒加身，罚不准吃饭，不准睡觉。林秀山长大成人后，林启昌才放松了对他的管教。
半年前，义父林启昌病重，林秀山又想起了算命先生的话，决定对亲生父亲迁坟。此时林启昌已经卧病在床不起，林秀山便大胆地找人挖开了父亲的坟墓，本想着偷偷把父亲的骸骨迁葬到新的地方去，谁知道打开棺材后就看到了这诡异的一幕。林秀山说罢，当即恳求禾知府：“老爷您也看明白了，我父亲肯定是被人谋害了！求大人为我父亲伸冤昭雪。”
禾知府忙宽慰了林秀山几句，又让他带着自己去府上拜会一下林启昌。大约半个时辰，禾知府和林秀山来到了林府，林府坐落在城南近郊，整个林家庄园气势宏大、房屋精致，出入其间的仆人也是衣着鲜艳，由此可见林家是很富有的人家。
进入林家庄园后，林秀山去后院吩咐下人准备酒宴，管家林忠陪着禾知府去看望林启昌。在主屋的一个房间内，一个瘦得几乎只剩下骨头的老头睡在卧榻之上。这个瘦弱的老头就是林秀山的义父林启昌。禾知府双手抱拳，禀告了自己的姓名和职务。林启昌见到禾知府，立刻双眼放光，赶紧从卧榻之上挣扎起来。他对禾知府说道：“大人祖籍在何处？”
禾知府没想到林启昌开口就这样问，按照礼制这样问父母官的籍贯出身是不符合规定的。禾知府并没有回答，林启昌意识到了自己的失态，于是赶紧赔礼道歉。禾知府问林启昌为何要问自己的籍贯，林启昌说禾知府很像自己的一个故人。禾知府连忙说那个故人是不是姓种？林 启昌一听，激动得连连说“大人是如何知道的？”禾知府也不回避，当场就说出了自己的身世。
禾知府说，他自小与母亲一起生活，就连名字禾长青也是母亲起的。他从未见过父亲，母亲也从来不提父亲的事情。他自幼发奋苦读，加之天资聪颖，被人们誉为“神童”。考上进士、入了翰林之后，原本着想好好侍奉母亲，让她享点清福。可谁曾想到，就在他入了翰林院之后，母亲就得了一场大病。四处寻医无果，母亲奄奄一息。在临终之前，母亲拿出一支金簪交给他，并且郑重地告诉他：“你原本姓种，家住青州府，我不是你的亲生母亲……那年……”母亲还未说完，就撒手人寰了。
母亲病逝前留下半截话，禾长青已经察觉到自己的身世与青州府脱离不了干系，于是在入了翰林三年后，他的守孝期也正好期满结束，当时朝廷要选派官员到青州府锻炼，禾长青便主动请缨，来到青州当了知府。
禾知府说出了自己的身世，在一旁细听的林启昌却听得浑身发抖、脸色惨白，他的呼吸越来越急促，似乎大病要复发一样。林启昌连忙打断了禾长青的话，问他说的这番话可有凭据？禾长青从怀中拿出那支金簪递给林启昌看，林启昌看了金簪之后，竟口中大喊一声，随后便直挺挺地倒在床上不能动弹了。
管家吓得急忙跑出去请郎中，郎中来后进行了一番紧急救治，保住了林启昌的命。但他告诉众人，林启昌突然中风，已经不能言语，且身体已经瘫痪，只怕今后不能再说一句话了。郎中让林家人好好照顾林启昌，看能不能出现奇迹。
禾知府见林启昌如此激动，已经联想到自己的身世与他有些牵连。他来青州当知府，初衷就是调查自己的身世，看来林启昌是个知情人，可惜的是他现在已经中风不能言语了。禾知府看着进进出出忙成一团的林家人，也不好再继续打扰，于是带着衙役离开了林家。
禾知府回到县衙后，把林启昌一事放在一边，开始着手调查林秀山父亲遗骨一案来。禾知府辗转找到了当年给林秀山之父验尸的仵作，这个仵作已经回乡多年，如今接到府里传票又返回来配合调查。
这个老仵作说：“当年验尸时，报案者称死者患了黄疸病，由于这种病有传染性，因此众人都不敢靠近仔细观察。从远处看，死者全身发黄，符合黄疸症病发的样子，于是当场就下了死亡文书。”
禾知府拿出那天验尸用的白布，白布之上沾染的黄颜色还很清晰，禾知府问当初林秀山之父尸体的颜色，是否与这块布上的颜色一致？老仵作接过白布仔细看了看，又用鼻子轻轻嗅了一番，连连说“正是这种颜色！准没错。”
禾知府又请来一个老郎中，问他得了黄疸病症的人皮肤会变黄，病人的骨头是否也会变黄呢？老郎中告诉禾知府，得了黄疸症的人，身体肯定会变黄，但是骨头是不可能变色的。禾知府将那块验尸布递给老郎中看，请问他白布上的黄颜色是怎么回事。老郎中仔细看了一遍，告诉禾知府：“这是一种颜料，并非来自病人身上的病症！”
禾知府听罢，让衙役找来城中的卖颜料的老板，把验尸布给他看。颜料店的老板仔细查看了验尸布后，让伙计去店里一趟。伙计很快就取来了一块墨绿色的石头，伙计把墨绿色的石头敲下一小块，又借用衙门的研磨将其磨成一堆粉末，把这些粉末倒入一个碗里，放上半碗水后，碗里的水瞬间变成了鲜黄色。店老板端起碗走到禾知府面前，伸手从碗里蘸出一点水画在验尸布上，两相对比之后果然是一模一样的颜色。
这一下，禾知府恍然大悟了，这是一种特殊的颜料。当年林秀山之父死后，被人用这种颜料涂满了全身，林秀山之父死后，由于这种颜料具有很强的稳定性，故而尸体腐烂后颜料浸入了骨头之中，因此才会出现骷髅变色的情况。
禾知府打发走了老仵作、郎中和颜料店老板后，开始思考起这桩案子来。他在心里暗暗推测：林秀山之父当年可能是被人迷昏了，然后全身涂满黄颜料丢入棺材里活埋，林秀山之父醒来后，拼命抠棺材盖子。奈何棺材盖子太重，上面又盖着泥巴，最终他被活活闷死在棺材里。林秀山之父死后，颜料浸入骨头之中，形成了黄骨骷髅。杀死林秀山之父的人是谁呢？难道是林启昌？他与林秀山之母有染，合谋杀死了林秀山之父。
禾知府在心中细细盘算，最后又觉得这样推测虽有道理，但也有很大漏洞，而且现在林秀山之母已死多年，林启昌又中风不能言语，几乎成了死无对证的事情，如何能证明他们之间有私情，合谋杀死了林秀山之父呢？禾知府思索半日，最后只得作罢。
禾知府突然想起了自己的身世来，于是询问捕头和师爷，青州城中是否有人姓种？捕头和师爷都连连摇头，他们说他二人在城中生活多年，从未听说过有这个奇怪的姓。禾知府又不甘心，来到管理户口的库房查看，管理库房账簿的小吏查遍了所有账册，就是没有找到姓种的人家。禾知府心中疑惑，他来到青州当知府就是为了破解身世之谜。如今查了半天没有结果，他开始怀疑母亲当初是否记错了。
当天晚上，就在禾知府冥思苦想案情之时，林府的管家林忠跑来报告，他说林启昌突然醒来了，吵嚷着要求见禾知府，请禾知府前去见一面。禾知府听罢，心中掠过一丝喜悦，林启昌醒了，他心中的疑问有人解答了，禾知府立刻带着衙役前往林府。
众人抵达林府门口，还未进门就见林秀山站在梯子上拆自家的门匾，禾知府见状忙问林秀山为何要拆掉门匾。林秀山说林启昌活不久了，这个家以后就归他管了，所以要换上自己的姓。禾知府问林秀山原本姓什么，林秀山说他姓种。禾知府闻言惊讶不已，他苦苦寻找的种姓人家，原来就是林秀山。
林秀山说，他的父亲是著名的富商，后来获罪被杀，他也从此被林启昌收养，改名换姓叫林秀山。如今林启昌已经是将死之人，他即将接管家业，所以改回自己的姓并不过分。禾知府听罢，没有说一句话，跟着管家林忠去内室见了林启昌。
在林启昌的房中，林启昌交给了禾知府一个包裹，里面竟然是林家的房产和地契。在房产和地契之下，还有一封休子文书，上面盖着青州府的印章。禾知府连忙问林启昌为何要把这些东西给自己？林启昌却在此时昏睡过去了，禾知府只好问林忠这到底是怎么回事。
林忠告诉禾知府，听林启昌老爷曾经提起过，当年他跟随一名很有钱的富商。这名富商姓种，富商不是一般人，他亦官亦商与朝中一些大臣来往甚密，做的是官商生意。傍着朝中富商的便利，他赚了不少钱，同时也为朝廷在解决兵饷、灾饷等方面做了一些贡献。后来朝中大官获罪，连带富商被株连。后来富商离奇暴毙，林启昌老爷就一个人撑起这个家。
禾知府又问林忠，林启昌是否有家室？林忠说林启昌老爷的夫人与富商的夫人同时生下了一个儿子。两个孩子满月时，富商暴毙身亡。当时老爷安葬了富商，后来山洪突然爆发冲毁了坟墓，林启昌老爷带人连夜清理，当他把坟墓清理出来时，已经是一个月后的事情了。从那个时候起，林启昌老爷的夫人和儿子就失踪了。
据林启昌自己说，当时山洪爆发冲走了他的妻子和儿子，他在一夜之间痛失了最亲的人。不久之后，种姓富商的妻子也抑郁而亡，留下了一个孩子。这个孩子就是林秀山，林启昌老爷将他抚养长大，并一个人撑起了这个家。林秀山性格暴虐，所以林启昌老爷一向对他很严格。林启昌老爷后来没有再娶妻，家中虽然富有，却只有他和林秀山相依为命。
一个时辰后，郎中给林启昌服下一剂药之后，林启昌再次醒来。林启昌让管家林忠回避，他长长地叹了一口气，说出了一段尘封多年的往事来：
原来，当年他一直跟在种姓富商身边，二人虽是主仆却胜似兄弟。种姓富商全名叫种尚义，他是一个身份微妙的人，他亦官亦商，在朝廷与很多官员有关系。后来因为朝中官员获罪他被牵连，据说是有人诬陷他们谋反。谋反是诛九族的大罪，在朝廷下达旨意之前，他与种尚义商量：把种尚义全身涂满颜料，对外宣布他患黄疸症而死。
林启昌弄来颜料，把种尚义身上涂成了黄颜色，并将他装入棺材之中。钦差来到青州查验时，由于惧怕黄疸症的传染，故而站在远处让仵作看了一眼就宣布种尚义身亡。钦差虽然认为种尚义已死，但仍然不肯善罢甘休，逼着林启昌把种尚义埋入地里。林启昌无法，只好照办。钦差们看着种尚义的棺材被埋入地里后，这才放心地回去复命了。
钦差走后，林启昌原本想赶快把种尚义挖出来，否则他将被闷死在里面。他雇人连夜挖掘，半夜里却突然下起了大暴雨，山洪冲垮了半座小山，巨量的石头和泥巴从山上冲下来盖住了种尚义的坟墓。这一下彻底完了，半座山的泥土石头都砸了下来，林启昌虽然动用了上百人前来挖掘，也挖了一个多月才把这些泥土和石头挖开，种尚义就这样被闷死在了棺材里。
在此之前，当时为了能保住种家的血脉，林启昌把自己的儿子与种尚义的儿子对调，并让自己的妻子带着种尚义的儿子到城外的一座破庙等他。林启昌告诉妻子，三天之内他一定会回破庙来他们相聚。如果三天之内他不回来，那种家就遭受灭顶之灾了，到时候妻子就带着孩子赶紧跑，走得越远越好，再也不要回来青州了。
结果那三天时间里，山洪爆发把山石冲下山来，盖住了种尚义的坟墓。林启昌急着救种尚义，连夜带着人挖坟，忘记了与妻子在破庙里相约的事情。妻子在破庙等了他五天，也没有见到他前来相会。妻子认为种家已经被灭，于是哭泣着抱着种尚义的儿子远走高飞。10天之后，林启昌想起了约定之事，他赶紧跑回破庙去找妻子，结果妻子已经没有了踪影。
种尚义被闷死在棺材之中，儿子也下落不明，种夫人不久抑郁而亡。种夫人死后，林启昌抚养着自己的儿子，由于他已经对外宣称自己的妻子和儿子死在了山洪之中，于是便将亲儿子认为义子，给他起名叫林秀山。林启昌不敢告诉儿子真相，因为他已经犯下了欺君之罪，说出来的话全家老小难免一死。
后来的事情就很清楚了，林启昌的妻子带着种尚义的儿子离开青州，辗转来到庐阳生活。她在庐阳生活了三十年，给种尚义的这个儿子起名叫禾长青，并供他读书考上了进士、入了翰林。后来在她临死前告诉了禾长青真相，拔下了那根金簪给他作为信物。那根金簪他戴了一辈子，那是她与林启昌成亲时给她买的。
这就是为什么当林启昌第一次见到禾长青时，急着问他籍贯的原因。这就是为什么当林启昌见到金簪会激动得中风的原因所在。而林启昌之所以要休掉儿子，把家产都给禾长青，在于他发家致富的本钱是种尚义留下的，而且林秀山也不是一个孝顺的儿子，早晚会败光了这些家产。
禾长青听罢，原来自己苦苦寻觅的亲人就在眼前，林启昌夫妇为了救自己，牺牲了他们一家的幸福。林启昌与妻子一辈子未能再见一次，两个人都守着孤独终老。禾长青跪下给林启昌磕了一个响头，感谢他这一辈子的付出。坟墓中的那具变色枯骨，原来就是他的亲生父亲种尚义。禾长青对林启昌说，林秀山虽然不孝，且行事乖张，但他一定会像亲兄弟一样对待他的，让他做一个有用之人。林启昌听罢，缓缓闭上了眼睛，彻底告别了这个世界……
这是一桩离奇的案子，看起来像是一个故事。其实是一桩影射现实的案子，这桩案子的真实例子在清代是有的，囿于当时的社会环境，文人们记录此案时不得不做了修饰。不过从总体上来说，案子反映了晚清官场的尔虞我诈、忠良被害的现实，也反映了主仆情深，有情有义的人间情缘。从这点上来说，这是一桩值得人们一读的案子。
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