蒋介石政府对日本庚子赔款直到1942年1月。

1937年日本发动了全面侵华战争，当时由于中国海关由英国控制，英国出于自身利益计坚持对日绥靖政策，海关总税务司梅乐和以所谓“保持海关完整，维护税收”为名，竭力主张中国照旧支付对日庚子赔款。即使上海抗战爆发后，国民政府还是在8月31日将原来由海关税收项下按月拨付的日本庚子赔款照旧拨付日本正金银行，此事引起了国内人民的坚决反对，迫于压力，国民政府财政部才命令海关税务司自1937年9月起，每月应付日本部分庚子赔款不再拨付正金银行，改由总税务司在汇丰银行开立海关总税务司日本庚子赔款专帐，于月终到期时循例如数由关税项下提存。日本方面在1937年9月后，实际没有能够获取汇丰银行专用账户的赔款。

1937年9月～1939年1月存于汇丰银行之对日赔付庚款计52万英磅16便士，1943年后被海关洋员吞并作养老金。

1937年9月～1942年1月结存于中央银行对日赔付善后借款部分计35 232 618.89元（法币），1949年1月被折合为金圆券11.79元，销账。非海关税银部分，总计38 605 979元（法币），最后以金圆券12.92元账面注销。

全面抗战八年中，对日赔款，除战争爆发头两个月外，其余皆以“各战区摊派”的方式替日本存着，而没有一分一厘用在关系到中华民族生死存亡的抗战上，直到到最后变成一张张废钞。