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1989年六四天安门事件以后，内蒙古独立运动再次活跃。1995年，内蒙古人哈达等人成立南蒙古民主联盟，试图让内蒙古脱离中国独立。哈达在1995年12月10日遭到中国政府逮捕，以间谍罪、分裂国家罪关押。此后内蒙古独立运动在国内和国外开始活跃。1997年，内蒙古人民党在美国成立。2006年，蒙古自由联盟党在日本成立。内蒙古人民党与蒙古自由联盟党在欧洲设立支部，联合一些欧洲人权活动家举行抗议中国政府压制人权的活动。

2010年12月10日，哈达刑满之后，其本人与其家族一起失踪。国际特赦组织日本向中国政府表示谴责。此失踪事件引起国际上的报导，使国际媒体开始注意内蒙古人权问题。

对内蒙古独立的支持主要在日本等国的蒙古族侨民中存在