教会大学及其机构退休金制度主要由公积金（Provident Fund）和退休年金构成。

洛克菲勒基金會曾專程派員前往北京向在反右鬥爭後發配西南邊陲破壞致死的協和醫院首任華人院長李宗恩先生的後人轉交其生前未能認領的員工年金。老一代的協和醫院員工張孝騫，林巧稚，劉世豪等員工都應該曾有相應的待遇。