1913年3月，宋教仁在上海遇刺，章炳麟怒不可遏，先在上海发表反袁文章，后又只身赴京当面讨袁。“虽经友人力阻，而先生则谓‘不入虎穴，焉得虎子’，遂于八月冒险入京。”他到京后，曾摇着用勋章做扇坠的折扇，径闯总统府，大有弥衡击鼓骂曹的气概。

章炳麟因此被袁世凯在北京禁锢了三年。