到底是谁杀了宋教仁？这件事至今有争议。黄兴认为是袁世凯，他给宋教仁的挽联是：

前年杀吴禄贞，去年杀张振武，今年又杀宋教仁；
你说是应桂馨，他说是洪述祖，我说确是袁世凯！

但今人有文章认为幕后主使人是孙中山：“ 孙中山公开指斥章太炎为满清暗探，并指使蒋介石于辛亥革命后暗杀章太炎的好友、光复会二号人物陶成章。 1912年，孙中山与热衷政党政治，组建国民党与梁启超的进步党进行议会斗争的宋教仁分道扬镳。 据当时报刊杂志记载，为争夺国民党的领导权，孙宋关系恶劣，势同水火。 鉴于孙宋的历史恩怨和宋教仁在国民党内的实际领袖地位，有理由相信宋案的主谋不是赵秉钧而是孙中山。 1913年宋教仁被刺，黄兴力主法律解决宋案，孙中山则一意孤行，发动二次革命。 失败后又指责黄兴指挥无能，强行组建中华革命党，要求入党者按指模向他个人宣誓效忠，终于迫使黄兴远走美国。”

（全文见冯胜平：《孙中山：一国国贼, 两党党父》）