李自成杀人如麻，其军队数次参与屠城，制造无人区。

-------股事如战场-死生之地-不可不察----------------
四月二十一日，李自成率兵六万[24]，與駐守山海關將領吳三桂進行一片石戰役。战至四月二十二日，吳軍渐渐不支。吳三桂乃降於清朝攝政王多爾袞，兩軍聯手擊潰李自成，主将刘宗敏受伤，急令撤退。二十六日（5月31日）李自成逃到京城，僅三萬餘人，怒杀吴三桂家大小34口。二十九日（6月3日）李自成在北京武英殿稱帝，以李繼遷為太祖，追尊七代考妣皆為帝后；立妻高氏為皇后，使牛金星代行郊天禮[25]。次日逃往西安，由山西、河南两路徹退。臨行前火燒紫禁城和北京的部分建築。多尔衮命吴三桂不得入京城，直接追擊李自成军，五月初二日在定州清水河（今河北省定州市），李自成再次大败。五月初三日（6月7日）多尔衮军入主北京城。七月李自成军渡黄河败归西安，不久，弃西安，经蓝田，商州，走武关。由於南明弘光帝朝廷的建立和大順軍的節節敗退，很多投降大順的原明朝將領復投南明或清朝，李自成於是疑心日盛，終於妄殺李岩等人，致使人心離散。

順治元年（1644年）十二月，清軍出擊潼關，大順軍列陣迎戰，清軍因主力及大砲尚未到達，堅守不戰。順治二年（1645年）清軍以紅衣大炮攻破潼關[26]，李自成採避戰的方式流竄，經襄陽、邓州[27]，入湖北，“声言欲取南京，水陆并进”，試圖與武昌的明朝總兵左良玉聯合抗清，左良玉東進南京去南明朝廷「清君側」征討馬士英病死途中。四月李自成入武昌，但被清軍一擊即潰。五月在江西再敗，後在湖北通山縣南九宮山被忠於明朝的程九伯地方武裝殺死，屍首不知何處[28][29]，自成牺牲后，大顺军悲怒交集，立即扫荡九宫山区，对当地团练予以报复性打击[30]。大顺军餘部称李自成为先帝，其妻高氏为太后，李錦推舉李自成三弟李自敬為首領。

另說李自成兵败后脫逃，在湖南省石門縣夾山寺削髮為僧，名奉天玉和尚，至康熙十三年（1674年）圆寂于该寺。又說李自成隱居到甘肅蘭州青城。