为什么新冠病毒不可能来自穿山甲？

2月初，良和我研究冠状病毒（coronavirus）正酣，舆论都在关心新冠病毒（SARS-CoV-2）的中间寄主时，华南农业大学沈永义、肖立华研究团队领头的一帮子广东和北京的作者（Xiao et al. 2020）语不惊、誓不休地提出，新冠病毒的中间寄主找到了，是穿山甲（pangolin），并发布了声势浩大的新闻发布会。良在QQ里告诉我这一消息。很快有群友在“植物命名法”群里贴出了相关推文。我的第一反应是，不可能，因为我们熟悉，新冠病毒属于Betacoronavirus属Sarbecovirus亚属，而我们的最新研究表明，Sarbecovirus亚属的所有冠状病毒的天然宿主都是蝙蝠。根据分类学中“系统发育保守性”的理论，穿山甲不可能是任何Sarbecovirus亚属中冠状病毒的宿主（我会另文分析）。

 

中华穿山甲（学名：Manis pentadactyla）：鳞甲目、穿山甲科的哺乳动物，在中国被长期愚昧地相信有各种功效而药用，野生的中华穿山甲几乎灭绝了。现在中国市场上的穿山甲，几乎全部都来自于东南亚。

Xiao et al. 2020申称，穿山甲身上的冠状病毒的RNA序列跟新冠病毒的RNA序列99%的相似。喔啊，我当时有种不祥之兆。如果真如他们所说，他们真可能发现了真正的中间宿主；而我们所得到的进化树上缺少他们有的穿山甲身上的冠状病毒的基因序列，那我们的研究结果还是有缺憾的。当时在GenBank里查不到他们测的穿山甲身上的冠状病毒的基因序列。那也没办法，他们的数据肯定要等他们的文章发表以后，才会公开。

他们这篇未经评审的稿子上传到BioRxiv（http://biorxiv.org/）后，引起巨大的轰动，网上主要各大网站都有所报道。连“Nature”都有报道，尽管多是质疑的意思。这篇“Nature”文章的作者显然也是不懂现代分类学的：

https://www.nature.com/articles/d41586-020-00548-w

等下载了他们的论文的预印本（preprint）后，我激动了——他们在吹牛！

 

他们号称的、穿山甲身上的冠状病毒的RNA序列跟新冠病毒的RNA序列99%的相似，是不可能的。（病毒有RNA病毒和DNA病毒。冠状病毒都是RNA病毒）。他们的结果有不少问题。

 

首先，他们的进化树取样很小，在Sarbecovirus亚属中只取了19个样。还有很多可能跟穿山甲病毒亲缘关系更近的病毒，他们没有取样。

其次，在他们的进化树上，穿山甲病毒并不与新冠病毒形成姐妹群关系，而石正丽他们发表的RaTG13病毒仍然是新冠病毒的姐妹群。也就是说，新冠病毒与在云南思茅的蝙蝠身上的病毒RaTG13，关系最近。这两者一起与穿山甲病毒形成姐妹群。由于他们取样小，新冠病毒和RaTG13形成的这个枝（branch）的姐妹群，并不一定是穿山甲病毒。

 

第三，从他们的三个进化树上看，红色的穿山甲病毒与新冠病毒在RNA序列上差异挺大，因为红色的穿山甲病毒的枝长（自衍征；autopomorphy）挺长，特别是第三个进化树C上。

 

第四，他们在重建进化树时，犯了低级错误：穿山甲病毒的枝长在单个基因的进化树（C）上，怎么会比全基因组进化树（A）上，还长呢？在全基因组进化树的枝长只会更长，因为基于更多的基因的序列。这个道理很简单。所以，他们在重建进化树时，他们的基因序列比对（alignment）肯定有问题。

 

就算他们在研究中没犯错误，就算他们的进化树是真正的进化树，根据他们的结果，无论如何也不能得出“穿山甲是新冠病毒的中间宿主”的结论。

 

如果穿山甲是新冠病毒的中间宿主，那么穿山甲病毒的RNA序列必须跟新冠病毒的RNA序列几乎100%一致。就像2003年，终南山等人认定，果子狸是萨斯病毒的中间宿主时，发现了果子狸身上的冠状病毒跟萨斯病毒的RNA序列完全一致。

 

前段时间，2月20号之前，那篇文稿的作者们以一个好玩的借口撤稿，好像说是，因为没有跟广东省生物资源应用研究所副所长陈金平团队协调好什么的。后者也在bioRxiv上上载了他们自己的未经审稿的预印本。看来，研究新冠病毒、发表有关新冠病毒的论文，在业界已经非常红火了，牵涉到很多利益。但是，如华南农大这两个团队这样的研究，最好还是别拿出来了。我鼓励他们学点现代生物分类学。